Principal unidade aduaneira do Brasil, é responsável pelo controle fiscal de quase um quarto de todas as mercadorias que entram e saem do País. Nos padrões do ecletismo, com linguagem clássica austera já com influência art-deco, revestido de granito no térreo e massa raspada nos outros quatro pavimentos, que contam com mais de 90 janelas. Em portas, portais e grades gastaram-se 44 mil Kg de ferro, e mais 122 mil Kg na estrutura do imóvel. Um terço do interior recebeu mármores importados da Itália e Espanha.
Com a expulsão dos jesuítas, em 1759, a Alfândega ocupou o Colégio S. Miguel e, depois, outros imóveis. Novo edifício foi inaugurado em 1870, substituído em 1934 pelo atual, construído pela Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp), que era concessionária dos serviços portuários da cidade
